中国中医科学院西苑医院针灸科，于1955年12月国家创建中医研究院附属医院时建立，是建院初期最早设立的七个临床科室之一，也是全国成立最早的针灸科之一。六十多年来，在针灸伤寒大家黄竹斋主任，国家药管理局第一批师带徒指导老师阎润茗主任，以及叶成亮主任等老一辈专家不断耕耘下，在各个时期形成了各自鲜明的针灸特色。2013年医院新门诊大楼启用，针灸科门诊扩大为6个诊疗室，33张治疗床位，日均门诊量300-400人次。针灸科进一步发展壮大，医教研全面发展。针灸科目前有医师10人，多数具有硕士或博士学历或学位。其中主任医师3人，副主任医师3人，主治医师4人；教授、副教授2人；博导、硕导3人。主持和参与科技部国际合作项目，科技部“十二五”科技支撑计划项目，“十四五”国家重点研发计划“中医药现代化”重点专项项目，北京市科委“首都临床诊疗技术研究及示范应用”项目，北京市卫健委“首都卫生发展科研专项”项目，中国中医科学院中医药“一带一路”国际合作项目、科技创新工程项目等科研课题，获国家发明专利多项。
针灸科是最具特色的传统科室之一，在治疗和预防疾病方面一直发挥着不可替代的作用。临床开展的传统特色疗法有：毫针、芒针、三棱针、梅花针、圆利针、揿针、火针、电针、穴位贴敷、耳穴埋豆、拔火罐等疗法，以及头针、面针、眼针、耳针、腹针、腕踝针等微针疗法。针灸疗法具有适用症广泛、疗效显著、无副作用等特点，临床可以治疗脑病科、骨伤科、内科、男科、妇科、五官科、皮肤科等疾病，治疗常见多发病有100多种。例如：
（1）脑病科疾病——中风偏瘫，痴呆，面瘫，面肌痉挛，失眠，抑郁症，焦虑症，头痛，头晕，三叉神经痛等；
（2）骨伤科疾病：颈椎病，肩周炎，“网球肘”，“鼠标手”，腰椎盘突出症，腰肌劳损，坐骨神经痛，膝关节骨性关节病，跟腱炎，筋膜炎，风湿、类风湿性关节炎等；
（3）内科消化、代谢系统疾病——急慢性胃炎，消化不良，功能性腹痛、腹泻、便秘，肠易激综合征，糖尿病，肥胖症、高脂血症、脂肪肝等；
（4）内科呼吸、心血管系统疾病——感冒，急、慢性支气管炎，支气管哮喘，冠心病，高血压病，心脏神经官能症等；
（5）男科疾病——前列腺增生，前列腺肥大，慢性前列腺炎等；
（6）妇科疾病——月经不调，痛经，闭经，盆腔炎，产后抑郁，多囊卵巢综合征，更年期综合征，压力性尿失禁，卵巢早衰等；
（7）皮肤科疾病——带状疱疹，湿疹，风疹，痤疮，黄褐斑等；
（8）五官科疾病——突发性耳聋，神经性耳鸣，过敏性鼻炎，鼻窦炎，复视，干眼症等。
针灸科目前开设的专病门诊有：面神经炎专病、紧张型头痛专病、中风专病、失眠专病、过敏性鼻炎专病、腰肌劳损专病、单纯性肥胖症专病、男性前列腺增生专病、女性压力性尿失禁专病。
