1955年　中医研究院附属医院（西苑医院）成立。

1955年　第一期全国西医离职学习中医研究班在西苑医院开班。

1956年　徐季含、黄竹斋等数十位全国各地知名中医调入西苑医院。

1957年　施奠邦、阎润茗等全国第一期“中学西班”毕业的中医专家分配来院。

1958年　吕维柏、周霭祥等全国第一期“西学中班”中西医结合专家分配来院。

1962年　中医研究院内科研究所迁入西苑医院。

1963年　医院更名为中医研究院西苑医院和中医研究院内科研究所。

1973年　西苑医院护士学校成立，设中医护理、中药专业。

1976年　开办全国中医研究班。

1978年　“冠心2号方治疗心脑血管病及其作用原理的研究”等7个项目荣获全国科学大会奖。

1980年　恢复第一临床医学研究所建制。

1981年　《中国中西医结合杂志》创刊，编辑部设在西苑医院。

1982年　“心肌细胞培养及其在中医药研究中的应用”荣获卫生部甲级科学技术成果奖。

1983年　成为首批卫生部药物临床药理研究基地和世界卫生组织传统医学合作中心。

1984年　中医研究院研究生部成立，设在西苑医院。

1985年　更名为中国中医研究院西苑医院。

1985年　成立“中国中医研究院老年医学研究所”。

1986年　新药“胃疡宁”转让给日本大正制药株式会社。

1988年　新病房楼落成。

1991年　陈可冀当选中国科学院学部委员（院士）。

1994年　被评为“三级甲等中医医院”和“全国示范中医医院”。

1995年　成立“中国中医研究院临床药理研究所”及博士后流动工作站。

1998年　WHO总干事布伦特兰博士访问西苑医院。

1999年　成立“实验研究中心”、“中医药保健研究中心”。

2000年　成立“GCP中心”，成为国家新药（中药）临床试验研究中心。

2001年　“方剂与证的药物动力学研究”获国家科学技术进步二等奖。

2003年　李连达当选中国工程院院士。

2003年　参与SARS防控，研制防治SARS西苑1号方，获得卫生部嘉奖。

2003年　“血瘀证与活血化瘀研究”获国家科学技术进步奖一等奖。

2005年　更名为中国中医科学院西苑医院。

2008年　整体改扩建工程动工。

2008年　成立汶川地震医疗救护队奔赴灾区参与救护工作。

2009年　创建国家中医临床研究基地。

2009年　医疗综合楼竣工，作为门诊周转楼投入使用，后改名为“杏苑楼”。

2010年　伦理委员会通过FERCAP的SIDCER认证。

2012年　通过“三级甲等中医医院”复审。

2012年　成为中医药研究北京市国际科技合作基地。

2013年　新门诊医技楼投入使用。

2013年　被世界中医药学会联合会伦理审查委员会授予“中医药临床研究伦理审查平台”。

2013年　成立“中国中医科学院心血管病研究所”、“中国中医科学院西苑医院基础医学研究所”。

2013年　成立“北京市中西医结合心血管病研究所”、“北京市中医脾胃病研究所”。

2013年　“中澳中医药国际联合研究中心”获得科技部认证，成为国家国际科技合作基地。

2014年　与西悉尼大学共建的国家级国际联合研究中心“中澳中医药国际联合研究中心”挂牌。

2014年　活血化瘀防治心血管病研究团队被授予“全国专业技术人才先进集体”。

2014年　陈可冀院士被授予“全国杰出专业技术人才”、“国医大师”荣誉称号。

2014年　许建中、周霭祥、翁维良被评为“首都国医名师”。

2014年　麻柔荣获中央国家机关“五一劳动奖章”。

2014年　“中药复方功效研究与评价体系的构建及应用”获北京市科学技术奖一等奖。

2015年　北京市中西医结合血液病研究所成立。

2015年　“冠心病‘瘀毒’病因病机创新的系统研究”获国家科学技术进步奖二等奖。

2015年　“源于中医临床的中药药效评价体系构建与应用”获国家科学技术进步二等奖。

2015年　与北京大学医学部共建北京大学中医药临床医学院签约并挂牌。

2015年　举办建院60周年系列庆祝活动。

2016年　启动中药临床疗效和安全性评价国家工程实验室建设。

2016年　陈可冀院士获聘为国家卫生计生委科技创新战略顾问。

2017年　获AAHRPP最高级别认证“Full Accreditation”。

2017年　翁维良荣获“全国名中医”称号。

2017年　麻柔荣获全国卫生计生系统先进工作者。

2017年　邓成珊、安效先、李淑良、张贻芳、周绍华、房定亚、聂莉芳、高普、蔡连香、魏子孝被评为“首都国医名师”。

2017年　麻柔当选第六届“首都十大健康卫士”。

2017年　获“全国文明单位”称号。

2018年　史大卓、刘建勋、李浩、杨宇飞、张允岭、徐凤芹、唐旭东被评为“岐黄学者”。

2018年　麻柔获2018年2月度“中国好医生”称号。

2018年　获批首批北京市老年友善医院。

2019年　获批国家中医心血管病临床医学研究中心。

2019年　获批国家卫生健康委脑卒中防治工程委员会“高级卒中中心建设单位”。

2019年　陈可冀院士荣获2018年度“最美医生”荣誉称号。

2019年　入选国家区域医疗中心输出医院。

2019年　“创新中药研发的关键技术及应用”获北京市科学技术进步奖一等奖。

2020年　派出援鄂抗疫医疗队、中医国际医疗专家组、援疆专家开展新冠肺炎疫情防控，医院获“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。

2020年　李浩获全国优秀共产党员，李浩、杨志旭、徐明获“全国抗击新冠肺炎疫情先进个人”称号，杨志旭获“国家卫健委抗疫先进个人”称号，李静获“全国三八红旗手”称号，王冰获“一线医务人员抗疫巾帼英雄”称号。

2020年　病房楼消防安全及节能系统改造、食堂装修改造及地下人防改造项目竣工。

2021年　获批首批中医类国家区域医疗中心。

2021年　获批首批中医类国家医学中心“辅导类”创建单位。

2021年　“中药临床疗效和安全性评价”国家工程研究中心纳入国家发展和改革委员会新序列管理；获批北京市研究型病房示范建设单位；获批第一批北京市临床研究质量促进中心。

2021年　与石景山区人民政府签署建设中国中医科学院西苑医院石景山院区合作协议。

2022年

向柬埔寨派出中医药领域首支援外先遣组、专家组、医疗队，入选中柬关系十大新闻。

翁维良被人力资源和社会保障部、国家卫生健康委、国家中医药管理局授予“国医大师”称号。

获评中央和国家机关青年文明号。

入选国家中医药传承创新中心，获批国家中医药管理局中药炮制技术传承基地建设、国家中医药管理局病证结合防治血管衰老重点研究室。

中国中医科学院西苑医院山西医院挂牌

与苏州市政府签署《中医类国家医学中心战略合作协议》。

心血管中心获批北京市中医管理局首批“十四五”中医药领超类重点专科；

肿瘤科、肾病科获批并超类重点专科；肛肠科、妇科获批并超类（建设类）重点专科。 

2023年  

深入开展学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想主题教育。

荣获“全国巾帼文明岗”“国家中医药管理局创建模范机关模范单位”。

中国科学院院士陈可冀获2023年度“汤用彤国学奖”。

首支中国援柬埔寨中医抗疫医疗队凯旋，获颁柬埔寨王国骑士勋章，荣获国家卫生健康委“卫生援外工作表现突出集体”，获评“全国援外医疗工作先进个人”。

入选“国家中医临床教学培训示范中心”；中国中医科学院西苑医院苏州医院、中国中医科学院西苑医院济宁医院，获批第五批国家区域医疗中心项目。

中医心病学、中医脾胃病学、中医脑病学、中医男科学、中医老年病学、中药药理学入选国家中医药管理局高水平中医药重点学科建设项目。