西苑医院脾胃所坚持“突出中医药特色、发挥中西医结合优势”，潜心笃志、砥身砺行，临床与科研齐头并进，秉承“中医有特色、西医不落后”的指导方针，在消化系统疾病的临床医疗、科研与教学等方面取得了卓越的成绩。目前，脾胃所由肝病科、脾胃病科、普外科组成。

脾胃病科是西苑医院最早成立的内科科室之一，具有悠久的历史和深厚的学术积淀，自1955年建院以来，黄坚白、徐季含、步玉如、施奠邦、周建中等众多享誉国内外的脾胃病名家为脾胃病学科的发展及人才培养奠定了坚实的基础。科室现为卫健委脾胃病重点专科，国家中医药管理局脾胃病重点专科、重点学科，北京市中医脾胃病研究所（2013年），国家中医药管理局脾虚重点研究室（2015年），脾胃病专科区域诊疗中心、胃癌前病变中西医临床协作平台、及脾胃病重点专科协作组组长单位，为中国中医科学院、北京大学、北京中医药大学、中医及中西医结合硕士、博士研究生培养基地和博士后流动站专业基地。

科室拥有一支高素质的专科人才团队，人才梯队合理，现有在职医生17名，学科带头人为国际欧亚院士、唐旭东教授，科室负责人为王凤云主任医师，王萍、蔡毅东主任医师为科室副主任及内镜中心主任。科室设有病房、门诊、内镜中心、胃肠动力室、消化实验室，设备先进，技术全面，目前拥有病床数32张，年均门诊量12万人次以上。科室重视中医理论的传承，结合现代技术不断创新，突出中医药治疗特色，以慢性胃炎及其癌前病变、胃食管反流病（反流性食管炎）、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、急性胰腺炎等消化难治病为优势病种进行中医药治疗，临床疗效显著，同时结合中药膏摩、耳穴、泡脚等多种中医非药物治疗，诊治能力和疗效水平广受患者好评。团队与北京大学、香港浸会大学、新加坡南洋理工大学、美国马里兰大学建立了良好的合作关系，团队人员获得“国际欧亚院士”、“第五届人民名医优秀风范”、中国中医科学院科技创新工程创新团队等多项荣誉称号及人才项目。

科研方面，以通降理论、脾虚理论、调中复衡理论为指导、以优势病种疗效评价研究、诊疗方案规范化与标准化、中药复方疗效作用机制研究、院内制剂与中药新药研发为重点内容，先后承担国家重点基础研究计划（973计划）、国家重点研发计划、国家十一五、十二五、十三五科技支撑计划、国家重大新药创制项目、国家中医药管理局行业科研专项、国家自然基金重点及面上项目、北京市十病十药等课题60余项（在研项目26项），总研究经费达9000余万元；发表学术论文400余篇，其中SCI论文50篇；出版专著16部；获得发明专利3项、计算机软件著作权4项，获中华中医药学会科技进步一等奖2项，中国中西医结合学会科技进步一等奖1项、北京市科技进步奖及其他奖项5项，牵头制定了由国家食品药品监督管理总局发布的《中药新药用于肠易激综合征、胃食管反流病、慢性胃炎的临床研究技术指导原则》。入选国家中医药管理局中医药防治难治病传承和创新团队、中国中医科学院创新团队、中国中医科学院科技创新团队。科室连续获得2021年和2022年中医医院脾胃病学科（专科）学术影响力排名第一。

科室拥有通降颗粒、胃舒胶囊、固肠胶囊、健胃定痛胶囊等多个有效院内制剂，研发了国内第一个治疗非糜烂性反流病的复方中成药通降颗粒，2018年以1000万转让给武汉健民药业集团股份有限公司；自主研发的治疗腹泻型肠易激综合征的复方中药制剂肠安I号，2020年以1000万转让给石家庄以岭药业股份有限公司；治疗非糜烂性反流病的中药复方“健脾清化颗粒”，2022年以1000万元转让给扬子江药业集团江苏龙凤堂中药有限公司。